Bacia Hidrográfica do Rio Japaratuba está totalmente inserida no espaço territorial do estado de Sergipe, ocupando uma área de 1.664,63 km², o que totaliza, aproximadamente, 7,6 % da área do Estado.

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Na porção mais alta da bacia, por sofrer influência do clima Semiárido, os cursos d’águas são intermitentes, inviabilizando, praticamente, o atendimento das demandas hídricas relacionadas aos diversos usos. À medida que avança em direção ao litoral, o rio Japaratuba recebe a contribuição de afluentes perenes, vindo a formar uma planície aluvial muito larga, desaguando no Oceano Atlântico, no município de Pirambu.

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Os recursos hídricos superficiais da bacia são voltados ao atendimento, principalmente, das demandas de abastecimento industrial e irrigação, prioritariamente, de cultivos de cana de açúcar.